我公司现遇到一问题,厂房屋面露雨,修改几次之后,仍有部分滴水,因此甲方拒付剩余工程款.请问甲方这种做法是否合法

如果我是甲方,如果漏雨影响了甲方的正常生产和使用,甲方有权扣押工程余款同时可以提出因此造成经济损失的索赔.  
如果我是你,会设法去和甲方沟通协商,同时制定出有效的维修方案彻底修好漏点,漏水问题解决了并经过沟通协调应该可以收回工程款.
企业的品牌信誉更重要, 如果甲方确实无赖就要请律师来商量了．

先确定形成露雨原因:1.设计的屋面板型是否合理.
2.施工原因屋面板的搭接是否正确.
3.工程所在地环境、大气污染。
4.业主是否正确使用？
再确定甲方不给钱是否合理。

如果你们不维修的话,甲方有权力叫别人维修,并从你的工程余款中扣除相应的维修费用.剩余款项应该退还，如果过了保修期的话,你们不应该承担任何责任.