现有一工程，屋面为彩板，3%的坡度，理论上螺栓球网架上弦的用于檩托的工艺孔角度是垂直于上弦呢，垂直于水平面不知有没有问题

1)因为3%坡度较小,倾斜角不到2度,采用焊接檩条可以,如采用螺栓连接通过连接板过渡更没问题;
2)设计时可避免出现如上问题:
  (a)如基准孔已经为竖直方向时,可将支托设计为有3%坡面的;
  (b)在设计网架时确定基准孔垂直坡面;

我的意思是基准孔为竖直方向，檩条顶面水平，彩板钉到檩条上有无问题？

基准孔为竖直方向，檩条顶面水平，彩板钉到檩条上当然有问题，安装过程中和以后检修时工人在屋面上行走，会导致彩板局部变形折曲。何况彩板与檩条接触面积太小，钉的位置处容易出现破坏而漏水。